Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui persepsi siswa terhadap penerapan sistem full day school serta kendala dan upaya yang dilakukan oleh MTs Mardhatillah. Populasi dalam penelitian ini berjumlah 137 siswa. Sampel di tentukan sebanyak 102 siswa yang diambil dengan menggunakan teknik proportional random sampling. Data dikumpulkan dengan metode wawancara dan kuesioner, analisis data yang digunakan adalah analisis deskriftif. Hasil penelitian menunjukan bahwa persepsi siswa terhadap penerapan sistem full day school di MTs Mardhatillah Singaraja Tahun Ajaran 2017/2018 secara dominan menunjukan kategori setuju. Kendala yang dihadapi siswa terkadang merasa bosan dan kurang berkonsentrasi karena belajar seharian, siswa merasa terbebani dengan Pekerjaan Rumah (PR) yang diberikan oleh guru di akhir pembelajaran, guru harus lebih banyak mempersiapkan materi karena durasi pembelajaran yang lebih lama dan guru memiliki waktu sedikit untuk melakukan evaluasi belajar. Upaya yang dilakukan guru untuk mengurangi siswa jenuh dalam mengikuti pembelajaran guru memberikan selingan baik berupa game maupun kegiatan belajar diluar ruangan untuk mata pelajaran tertentu dan guru selalu berusaha menggunakan metode pembelajaran sehingga siswa merasa senang dalam belajar sehingga tercipta pembelajaran yang aktif dan menyenangkan.